letter-probability matrix: alength= 4 w= 12 nsites= 39 E= 3.1e-006
0.076923 0.512821 0.128205 0.282051 
0.179487 0.307692 0.000000 0.512821 
0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 
0.153846 0.846154 0.000000 0.000000 
0.000000 0.871795 0.128205 0.000000 
0.000000 0.538462 0.102564 0.358974 
0.051282 0.743590 0.000000 0.205128 
0.435897 0.564103 0.000000 0.000000 
0.000000 0.641026 0.025641 0.333333 
0.051282 0.948718 0.000000 0.000000 
0.000000 0.948718 0.000000 0.051282 
0.256410 0.641026 0.102564 0.000000 